Guna meningkatkan kinerja dan profesionalisme sumber daya manusia yang bekerja di sektor publik, khususnya yang berkaitan dengan akuntansi, anggaran, keuangan negara, akutanbilitas publik dan audit, Pusdiklatwas BPKP telah bekerja sama dengan instansi-instansi pemerintah lainnya untuk menyelenggarakan diklat. Penyelenggaraan diklat dapat dilakukan di Pusdiklatwas, di tempat instansi pengguna atau di tempat lain sesuai kesepakatan.

Berikut ini adalah beberapa instansi tersebut: 

• Mahkamah Konstitusi
• Mahkamah Agung
• Kepolisian Negara Republik Indonesia
• Markas Besar TNI Angkatan Darat
• Markas Besar TNI Angkatan Laut
• Inspektorat Jenderal Departemen Perhubungan
• Inspektorat Jenderal Departemen Keuangan
• Inspektorat Jenderal Departemen Pendidikan Nasional
• Inspektorat Jenderal Departemen Kesehatan
• Inspektorat Jenderal Departemen Komunikasi dan Informatika
• Inspektorat Jenderal Departemen Pekerjaan Umum
• Inspektorat Jenderal Departemen Luar Negeri
• Inspektorat Jenderal Departemen Kehutanan
• Inspektorat Jenderal dan Pusdiklat Departemen Agama
• Inspektorat Jenderal dan Pusdiklat Departemen Perindustrian
• Inspektorat Jenderal Departemen Kelautan dan Perikanan
• Badan Rehabilitasi dan Rekonstruksi NAD-Nias
• Badan Narkotika Nasional
• Badan Intelijen Negara
• Komisi Pemberantasan Korupsi
• Badan Pengawasan Daerah Provinsi DKI Jakarta 
• Badan Pengawas Daerah Kota Tangerang
• PT (Persero) Pelindo II
• PT Krakatau Steel
• Perusahaan Daerah Air Minum (PDAM) Bengkulu
• PAM Jaya