Guna meningkatkan kinerja dan profesionalisme sumber daya manusia yang bekerja di sektor publik, khususnya yang berkaitan dengan akuntansi, anggaran, keuangan negara, akutanbilitas publik dan audit, Pusdiklatwas BPKP telah bekerja sama dengan instansi-instansi pemerintah lainnya untuk menyelenggarakan diklat. Penyelenggaraan diklat dapat dilakukan di Pusdiklatwas, di tempat instansi pengguna atau di tempat lain sesuai kesepakatan.

Berikut ini adalah beberapa instansi tersebut: 

• Mahkamah Konstitusi
• Mahkamah Agung
• Kepolisian Negara Republik Indonesia
• Markas Besar TNI Angkatan Darat
• Markas Besar TNI Angkatan Laut
• Inspektorat Jenderal Kementerian Perhubungan
• Inspektorat Jenderal Kementerian Keuangan
• Inspektorat Jenderal Kementerian Pendidikan Nasional
• Inspektorat Jenderal Kementerian Kesehatan
• Inspektorat Jenderal Kementerian Komunikasi dan Informatika
• Inspektorat Jenderal Kementerian Pekerjaan Umum
• Inspektorat Jenderal Kementerian Luar Negeri
• Inspektorat Jenderal Kementerian Kehutanan
• Inspektorat Jenderal dan Pusdiklat Kementerian Agama
• Inspektorat Jenderal dan Pusdiklat Kementerian Perindustrian
• Inspektorat Jenderal Kementerian Kelautan dan Perikanan
• Badan Rehabilitasi dan Rekonstruksi NAD-Nias
• Badan Narkotika Nasional
• Badan Intelijen Negara
• Komisi Pemberantasan Korupsi
• Badan Pengawasan Daerah Provinsi DKI Jakarta 
• Badan Pengawas Daerah Kota Tangerang
• PT (Persero) Pelindo II
• PT Krakatau Steel
• Perusahaan Daerah Air Minum (PDAM) Bengkulu
• PAM Jaya
• BP Migas
• Universitas Syiah Kuala, NAD
• Universitas Sultan Ageng Tirtayasa, Banten
• Kementerian Perekonomian Republik Demokratis Timor Leste